自然人憑證為政府機關公開金鑰基礎建設(GPKI)的核心一環，在數位發展部的資安要求及技術指導下，營運自然人憑證簽發、管理、推廣等工作。為提升憑證使用安全，持續精進技術機制，行動自然人憑證自111年2月起導入FIDO（Fast IDentity Online）2.0技術，並獲得國際FIDO組織認證，搭配行動裝置生物辨識功能，強化本人操作驗證機制，以確保憑證使用確屬當事人個人行為。
內政部表示將加強對申辦民眾的數位認知、個資及資安保護意識宣導，並再次呼籲民眾勿因貪圖金錢或便利，主動將自然人憑證及密碼交付他人使用，此行為後續恐導致個資外洩或遭冒用，而使個人蒙受不必要的法律責任及個人財產損失。